OECD’nin temel karar organı Konsey’dir. Konsey, üye ülkelerin Daimi Temsilcileri ile tam katılımcı sıfatıyla Avrupa Birliği Daimi Temsilcisinin iştirakiyle ayda bir veya iki kez düzenli olarak toplanmaktadır. Alınacak kararlara ilişkin Konsey çalışmaları asli Teknik Komitelerden (Substantive Committees) çıktıktan sonra üç Daimi Komite’nin (Standing Committee) süzgecinden geçerek Konsey’e sunulmaktadır. Bazı konular ise sadece Konsey’in uhdesindedir.

Siyasi boyutta önemli konularda karar almak ve Teşkilatın çalışmaları ile genel gidişatına yön vermek amacıyla yılda bir kez Bakanlar Konseyi Toplantısı (MCM) düzenlenmektedir.

Bakanlar Konseyi dünya ekonomi ve ticaret gündeminde yer alan önemli konuları görüşmekte, OECD’nin çalışmalarını gözden geçirmekte, gelecekteki stratejisi, öncelikleri ve çalışmalarına yön verecek kararları onaylamaktadır.

Konsey’in yanı sıra, Daimi Komiteler (İcra Komitesi, Bütçe Komitesi ve Dış İlişkiler Komitesi) ve asli teknik komiteler de OECD’nin temel organlarıdır. İcra Komitesi Konsey'in en önemli Daimi Komitesidir. “Mini Konsey” olarak adlandırılan İcra Komitesi temel olarak Konsey’e alacağı kararlar ve önerileri hazırlamada yardımcı olmakta, stratejik konular ve önceliklerle ilgili Konsey’e tavsiyede bulunmakta, Teşkilatın Bakanlar düzeyinde gerçekleştirdiği toplantıların hazırlıkları ve takibini yürütmektedir. Asli teknik komiteler ise, ekonomik ve mali konular, vergi politikası, istatistik, ticaret, tarım, kalkınma, bilim, sanayi ve teknoloji, girişimcilik ve KOBİ’ler, istihdam, sağlık, göç, turizm, eğitim, kamu yönetişimi ve çevre konularında faaliyet göstermektedir.